夏に潮間帯やサンゴ群落域で見られる普通種だが、めったに越冬できないので、成魚は稀。
ハコフグと同じように体は硬く、体内にフグ毒を持っていないが、体表からパフトキシンという毒を出す。
幼魚や若魚は体色が黄色く、黒眼と同大かやや大きい黒斑が多数ある。
10cm程度に成長しても、黄色い美しさが残っていることで、ハコフグと区別できる（体色が黄色で、黒斑のあるハコフグ類の幼魚がミナミハコフグとは限らない）。
全長40cmになるが、あまり大きなものは見られない。